தில்லை நடராஜர் கோயிலிலுள்ள கோவிந்தராஜப் பெருமாள் சன்னதி கி.பி.8ஆம் நூற்றாண்டில் இரண்டாம் நந்திவர்ம பல்லவனால் அமைக்கப்பட்டது.நந்திவர்ம பல்லவன் முதலில் சைவ,வைணவ சமயங்களில் சமநோக்குடையவாக இருந்து பின்பு திருமங்கையாழ்வாரால் பரம வைணவனாக மாறினான்.இந்த பெருமாளை திருமங்கையாழ்வார் மங்களாசாசானம் செய்துள்ளார்.இந்த பெருமாள் சிறிய திண்ணையில் அமைக்கப்பட்டிருந்தார்.இவை தெற்றியம்பலம் சித்திரக்கூடம் என அழைக்கப்பட்டது. பெருமாள் திருவுருவம் நடராஜர் கோவிலைச் சுற்றியுள்ள பரிவாரதெய்வம் என்ற முறையில் தில்லைவாழந்தணர்களால்
பூஜை செய்யப்பட்டது. கி.பி.12ஆம் நூற்றாண்டில் தில்லைவாழந்தணர் பெருமாளுக்கு பூஜை செய்வது மனம் பொறுக்காத பிற்கால வீர வைணவர்கள் தில்லை கோவில் நடைமுறைக்கு தொல்லை உண்டாக்கினார். நாளுக்கு நாள் தொல்லைகள் அதிகமாயின இதனால் தில்லைச் சிற்றம்பலத் திருபணியும் நாள்பூஜைகளும் தடைப்பட்டன. அது கண்டு மனம் பொறுக்காத இரண்டாம் குலோத்துங்க சோழன் இந்த தொல்லைகளுக்கெல்லாம் கோவிந்தராஜப் பெருமாளே காரணம் என பெருமாள் சிலையை அலை கடலில் வீசியெறிந்தான். இந்நிகழ்ச்சியால் பிற்காலத்தில் வைணவர்களால் எழுதப்பட்ட திவ்யசூரிசரிதம், கோயிலொழுகு போன்ற நூல்கள் இம்மன்னன் மீது அடாத பழிகளை சுமத்தி கிருமிகண்ட சோழன் என இகழ்ந்து கூறுகின்றன.கடலில் வீசியெரிந்த அந்த பெருமாள் சிலையை இராமானுஜர் மீட்டு கீழை திருப்பதியில் பிரதிஷ்டை செய்தார் என கூறுகின்றனர்.
விஜய நகர மன்னர் கிருஷ்ணா தேவராயர் கி.பி.1516-இல் பொட்டனூரில் தான் பெற்ற வெற்றியின் அடையாளமாக தில்லை நடராஜர் கோயிலின் வடக்கு கோபுரத்தைக் கட்டி நிலம் வழங்கி உள்ளார்.இவரது காலத்திலும் பெருமாள் சன்னதி இங்கு இல்லை. இவருக்கு பின்பு ஆட்சிக்கு வந்த அச்சுதராயர் கி.பி.1539-இல் தில்லை நடராஜர் கோயிலில் புதிய கோவிந்தராஜப் பெருமாளை மீண்டும் முன்பு இருந்த அதே இடத்தில் பிரதிஷ்டை செய்தார்.வைணவர்கள் அரசன் வழியாக பூஜை செய்யும் உரிமை பெற்றனர்.மேலும் கோயிலில் பல இடங்களை கைப்பற்ற எண்ணினர்
அவர்களுக்கு உடந்தையாக வேங்கடபதி தேவமகாராயர் ஆட்சியில் அவருடைய பிரதிநிதியாக செஞ்சியில் ஆட்சி செய்த வையப்ப கிருஷ்ணப்ப கொண்டம நாயக்கன் கி.பி.1579-இல் பழைய இடத்திலிருந்து பெருமாளை எடுத்து நடராஜர் சன்னதி சபை வாசலிலேயே பெருமாளுக்கு தனி சன்னதி அமைக்க தொடங்கினான் அதனை தில்லைவாழந்தணரும் தில்லை நகர மக்களும் தடுத்தும் கேட்காமல் அவன் சன்னதியை கட்ட தொடங்கினான்.இதை தடுக்க தில்லைவாழந்தணர் ஒருவர் பின் ஒருவராக கோபுரத்தின் மீது ஏறி குதித்து 20பேர் தற்கொலை செய்து கொண்டனர்.இதை கண்டு சிறிதும் இரக்கமற்ற கொண்டம நாயக்கன் தற்கொலை செய்ய வருபவர்களை சுட்டு தள்ளும்படி உத்தரவிட்டான். இரண்டு தில்லைவாழந்தணர் சுட்டுக் கொல்லப்பட்டனர்.இதை கண்ட அவர்கள் குடும்பத்தை சேர்ந்த அம்மையார் ஒருவர் கழுத்தை அறுத்து தற்கொலை செய்து கொண்டார்.தமிழ் நாட்டிற்கு சுற்றுப்பயணம் வந்த பிமெண்டா என்னும் பாதிரியார் கொண்டம நாயக்கனின் கொடுமையான செயலை நேரில் கண்டு வருந்தி தன் யாத்திரை குறிப்பிலும் இந்நிகழ்ச்சியை எழுதியுள்ளார்.
கிருஷ்ணப்ப நாயக்கனுக்கு பின் விஜய நகர மன்னனாகிய சீரங்கராயன்-3.
கி.பி.1643-இல் கோவிந்தராஜர் சன்னதியை மேலும் விரிவுபடுத்த எண்ணி முன்பு இல்லாத புண்டரீகவல்லித் தாயார் சன்னதி முதலிய சன்னதிகளை அமைத்தான். இவனுடைய மதவெறி காரணமாக நடராஜர் கோயிலில் இருந்த பழமையான சிவன் சன்னதிகளும் காளி சன்னதியும் இடிக்கப்பட்டு மறைந்துப்போயின.வைணவர்கள் கொஞ்சம் கொஞ்சமாக நடராஜர் கோயிலின் பெரும்பகுதியை கைப்பற்ற முயற்சி செய்தனர். இதைக் கண்டு கொதித்தெழுந்த தில்லை நகர சைவமக்களும்,தில்லைவாழந்தணரும் பெருமாள் சன்னதியை இடிக்கச் சென்றனர்.கி.பி.1867-இல் வைணவர்கள் தில்லைவாழந்தணர்களிடம் நாங்கள் பெருமாளுக்கு செய்யும் நித்திய பூஜையை தவிர பிரம்மோற்சவம் நடத்துவதில்லை எனவும் நடராஜர் பூஜையிலும் திருவிழாவிலும் தடையாக இருக்க மாட்டோம் என ஒரு உடன்படிக்கை செய்து கொண்டனர். நீதி மன்றமும் இவ்வாறே தீர்ப்பு வழங்கியது.பின்பு சைவரும்,வைணவரும் அன்பால் ஒன்று கூடி அவரவர் தெய்வங்களுக்கு பூஜைகள் செய்து வருகின்றனர்.இரா.விக்ரமன்,சிதம்பரம்.
